El 11 de noviembre de 1982, familiares de cuatro personas detenidas y desaparecidas entre noviembre de 1976 y marzo de 1977 formularon una presentación ante la justicia, asistidos por reconocidos abogados de diversos organismos de derechos humanos, en la que denunciaban que en el período 1976-1980 la Morgue Judicial de la Capital Federal “habría desempeñado funciones no previstas en la regulación legal de su funcionamiento, contraviniendo las mismas al haber realizado autopsias, solicitado certificados de defunción al Registro Civil y realizado inhumaciones de cadáveres N.N. sin dar intervención al Juez competente, siguiendo instrucciones emanadas de la Fuerzas Armada”. Este escrito dio comienzo al expediente conocido como “Causa de la Morgue Judicial”, en la cual se denunciaba la complicidad de funcionarios judiciales con los crímenes cometidos durante el Terrorismo de Estado. A partir del análisis de este caso emblemático, en este artículo propongo trabajar distintos fallos, discusiones y resoluciones judiciales que se presentaron en la causa en los primeros años de la transición democrática (aplicación de la ley de autoamnistía, recusaciones, excusaciones, exhumaciones) las cuales, según el momento, llevaron a una aceleración o a una ralentización de la investigación judicial. Estos “documentos judiciales” hablan de las prácticas y características propias de las burocracias judiciales pero también de las vinculaciones (cambiantes) que estas burocracias sostenían con el “afuera institucional”. En esta línea de análisis, parto de la hipótesis de que las decisiones de los actores, sus lógicas y posicionamientos ayudan a entender las tensiones que la transición democrática generó al interior de la justicia al tiempo que nos permiten indagar y problematizar tanto las rupturas como las continuidades que se dieron al interior del poder judicial nacional.